Patrones de circulación de genotipos del grupo A de rotavirus en Kenia antes y después de la introducción de la vacuna a nivel nacional, 2010-2018

Antecedentes: Kenia introdujo la vacuna monovalente G1P [8] Rotarix® en el calendario de vacunación infantil en julio de 2014. Examinamos las tendencias en la distribución del genotipo del grupo A del rotavirus (RVA) antes (enero de 2010-junio de 2014) y después (julio de 2014- Diciembre de 2018) Introducción de la vacuna RVA.

Métodos: Se recolectaron muestras de heces de niños <13 años de cuatro sitios de vigilancia en Kenia: el Hospital del Condado de Kilifi, la Clínica Tabitha de Nairobi, el Hospital de la Misión Lwak y el Hospital de Referencia del Condado de Siaya (niños de <5 años solamente). Las muestras se seleccionaron para determinar la presencia de RVA utilizando un ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas (ELISA) y los genes VP7 y VP4 secuenciados para inferir genotipos.

Resultados: Genotipamos 614 muestras en pre-vacuna y 261 en períodos de introducción post-vacuna. Durante el período de introducción previo a la vacuna, los genotipos de RVA más frecuentes fueron G1P [8] (45.8%), G8P [4] (15.8%), G9P [8] (13.2%), G2P [4] (7.0%) y G3P [6] (3,1%). En el período de introducción posterior a la vacuna, los genotipos más frecuentes fueron G1P [8] (52,1%), G2P [4] (20,7%) y G3P [8] (16,1%). Los genotipos predominantes variaron según el año y el sitio, tanto en los períodos previos como posteriores a la vacuna. Los patrones de genotipos temporales mostraron un aumento en la prevalencia de los genotipos heterotípicos de vacunas, como el G2P similar a DS-1 [4] (7.0 a 20.7%, P <.001) y G3P [8] (1.3 a 16.1%, P < .001) genotipos en el período de introducción posterior a la vacuna. Además, observamos una disminución en la prevalencia de los genotipos G8P [4] (15.8 a 0.4%, P <.001) y G9P [8] (13.2 a 5.4%, P <.001) en el período de introducción posterior a la vacuna. El análisis filogenético del genotipo G1P [8], reveló la circulación de cepas de los linajes G1-I, G1-II y P [8] -1, P [8] -III y P [8] -IV. Se observó una diversidad genética considerable entre las cepas pre y post vacuna, evidenciada por distintos grupos.

Conclusión: la prevalencia del genotipo varió de antes a después de la introducción de la vacuna. Tales observaciones enfatizan la necesidad de vigilancia a largo plazo para monitorear el impacto de la vacuna. Estos cambios pueden representar una variación secular natural o posibles cambios inmunoepidemiológicos derivados de la introducción de la vacuna. La secuenciación completa del genoma podría proporcionar información sobre las presiones evolutivas posteriores a la vacuna y la diversidad antigénica.