Cultivos virales para la evaluación de la infectividad de COVID-19. Revisión sistemática

Abstract

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Objetivo Revisar la evidencia de estudios que comparan el cultivo de SARS-CoV-2 con los resultados de la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR). Métodos Se realizaron búsquedas en LitCovid, medRxiv, Google Scholar y la base de datos de la OMS Covid-19 para Covid-19 utilizando los términos cultivo viral o replicación viral y sinónimos asociados hasta el 10 de septiembre de 2020. Realizamos cotejos de citas e incluimos estudios que informaron intentos de cultivo o observe la coincidencia de SARS-CoV-2 con los puntos de corte para la positividad de RT-PCR. Un revisor extrajo los datos de cada estudio y un segundo revisor verificó y editó la extracción y resumió narrativamente por muestra: fecal, respiratoria, ambiental, sanguínea o mixta. Cuando fue necesario, escribimos a los autores correspondientes de los artículos incluidos o de antecedentes para obtener información adicional. La calidad se evaluó mediante una herramienta de riesgo de sesgo QUADAS 2 modificada. Esta es la cuarta versión de esta revisión que se publicó por primera vez el 4 de agosto y se actualizó el 21 de agosto, los días 3 y 10 de septiembre. Resultados Se incluyeron 29 estudios que informaron cultivos u observación de invasión tisular por SARS-CoV en muestras de esputo, naso u orofaringe, orina, heces, sangre y ambientales de pacientes diagnosticados con Covid-19. Los datos sugieren una relación entre el tiempo desde la recolección de una muestra hasta la prueba, el umbral del ciclo y la gravedad de los síntomas. La calidad de los estudios fue moderada con falta de informes estandarizados. Doce estudios informaron que los valores de Ct eran significativamente más bajos y las copias del registro más altas en las muestras que producían cultivos de virus vivos. Cinco estudios no informaron ningún crecimiento en las muestras según un valor de corte de Ct. Estos valores oscilaron entre CT> 24 para ausencia de crecimiento y Ct> 34 o más. Dos estudios informan de una fuerte relación entre el valor de Ct y la capacidad de recuperar virus infecciosos y que las probabilidades de cultivo de virus vivo se reducen en un 33% por cada aumento de una unidad en Ct. Un valor de corte de RT-PCR Ct> 30 se asoció con muestras no infecciosas. Un estudio que analizó los fragmentos de genes NSP, N y E del resultado de la PCR informó diferentes umbrales de corte según el fragmento de gen analizado. La duración de la eliminación de ARN detectada por PCR fue mucho más prolongada en comparación con la detección de cultivo vivo. Seis de los ocho estudios informaron la eliminación de ARN durante más de 14 días. Sin embargo, la infectividad disminuye después del día 8 incluso entre los casos con cargas virales altas en curso. Es probable que una proporción muy pequeña de personas que vuelvan a dar positivo después del alta hospitalaria o con un Ct alto sean infecciosas. Conclusión Las pruebas de rutina prospectivas de muestras de referencia y cultivo son necesarias para cada país involucrado en la pandemia para establecer la utilidad y confiabilidad de la PCR para Covid-19 y su relación con los factores del paciente. La infectividad está relacionada con la fecha de aparición de los síntomas y el nivel de umbral del ciclo. Un enfoque binario Sí / No para la interpretación de RT-PCR no validada contra cultivo viral dará como resultado falsos positivos con posible segregación de un gran número de personas que ya no son infecciosas y, por lo tanto, no representan una amenaza para la salud pública. Conclusión Las pruebas de rutina prospectivas de muestras de referencia y cultivo son necesarias para cada país involucrado en la pandemia para establecer la utilidad y confiabilidad de la PCR para Covid-19 y su relación con los factores del paciente. La infectividad está relacionada con la fecha de aparición de los síntomas y el nivel de umbral del ciclo. Un enfoque binario Sí / No para la interpretación de RT-PCR no validada contra cultivo viral dará como resultado falsos positivos con posible segregación de un gran número de personas que ya no son infecciosas y, por lo tanto, no representan una amenaza para la salud pública. Conclusión Las pruebas de rutina prospectivas de muestras de referencia y cultivo son necesarias para cada país involucrado en la pandemia para establecer la utilidad y confiabilidad de la PCR para Covid-19 y su relación con los factores del paciente. La infectividad está relacionada con la fecha de aparición de los síntomas y el nivel de umbral del ciclo. Un enfoque binario Sí / No para la interpretación de RT-PCR no validada contra cultivo viral dará como resultado falsos positivos con posible segregación de un gran número de personas que ya no son infecciosas y, por lo tanto, no representan una amenaza para la salud pública.