Un origen propuesto para el SARS-CoV-2 y la pandemia COVID-19

por Jonathan Latham, PhD y Allison Wilson, PhD

En todas las discusiones sobre el origen de la pandemia de COVID-19, se ha prestado una enorme atención científica al carácter molecular del virus SARS-CoV-2, incluida su nueva secuencia del genoma en comparación con sus parientes cercanos. En marcado contraste, prácticamente no se ha prestado atención a la procedencia física de los parientes genéticos más cercanos, sus presuntos antepasados, que son dos secuencias virales llamadas BtCoV / 4991 y RaTG13.

Esta negligencia es sorprendente porque su procedencia es más que interesante. BtCoV / 4991 y RaTG13 fueron recolectados de un pozo de minas en la provincia de Yunnan, China, en 2012/2013 por investigadores del laboratorio de Zheng-li Shi en el Instituto de Virología de Wuhan(WIV) Poco antes, en la primavera de 2012, seis mineros que trabajaban en la mina habían contraído una enfermedad misteriosa y tres de ellos habían muerto ( Wu et al., 2014) Los detalles de esta misteriosa enfermedad han sido virtualmente olvidados; sin embargo, se describen en una tesis de maestría china escrita en 2013 por un médico que supervisó su tratamiento.

Acordamos traducir la tesis de este Máster al inglés. La evidencia que contiene nos ha llevado a reconsiderar todo lo que creíamos saber sobre los orígenes de la pandemia de COVID-19. También nos ha llevado a teorizar una ruta plausible por la cual un brote de enfermedad aparentemente aislado en una mina en 2012 condujo a una pandemia mundial en 2019.

El origen del SARS-CoV-2 que proponemos a continuación se basa en los historiales de estos mineros y su tratamiento hospitalario. Esta teoría simple explica todas las características clave del nuevo virus SARS-CoV-2, incluidas las que han intrigado a los virólogos desde que comenzó el brote.

La teoría puede explicar el origen del sitio de escisión de furina polibásico, que es una región de la proteína de pico viral que la hace susceptible a la escisión por la enzima huésped furina y que mejora en gran medida la propagación viral en el cuerpo. Este sitio de furin es novedoso para el SARS-CoV-2 en comparación con sus parientes cercanos ( Coutard, et al., 2020) La teoría también explica la afinidad excepcional de la proteína espiga viral por los receptores humanos, lo que también ha sorprendido a los virólogos ( Letko et al., 2020Piplani et al, 2020Wrapp et al., 2020Walls et al., 2020) La teoría explica además por qué el virus apenas ha evolucionado desde que comenzó la pandemia, que también es un aspecto profundamente desconcertante de un virus supuestamente nuevo para los humanos ( Zhan et al., 2020van Dorp et al., 2020Chaw et al., 2020) Por último, la teoría explica claramente por qué el SARS-CoV-2 se dirige a los pulmones, lo cual es inusual para un coronavirus ( Huang et al., 2020)

No proponemos un origen específicamente genéticamente modificado o de guerra biológica para el virus, pero la teoría propone un papel causal esencial en la pandemia de investigación científica llevada a cabo por el laboratorio de Zheng-li Shi en la WIV; explicando así a Wuhan como la ubicación del epicentro.

¿Por qué se ha ignorado la procedencia de RaTG13 y BtCoV / 4991?

El origen aparente de la pandemia de COVID-19 es la ciudad de Wuhan en la provincia de Hubei, China. Wuhan también alberga el principal centro de investigación del mundo para coronavirus de murciélago. Hay dos laboratorios de virología en la ciudad, ambos han recolectado coronavirus de murciélago o los han investigadoen el pasado reciente. El laboratorio Shi, que recolectó BtCoV / 4991 y RaTG13, recibió subvenciones recientemente.evaluar mediante experimentos el potencial de patogenicidad pandémica de los nuevos coronavirus de murciélago que recolectaron de la naturaleza.

Para agregar a estos puntos de datos sugestivos, hay una larga historia de accidentes, brotes de enfermedades e incluso pandemias como resultado de accidentes de laboratorio con virus ( Furmanski, 2014Weiss et al., 2015) Por estas y otras razones, resumidas en nuestro artículo El caso está construyendo que COVID-19 tenía un origen de laboratorio , nosotros (un virólogo y un genetista) y otroshan concluido que un brote de laboratorio es una tesis creíble. Ciertamente, un origen de laboratorio tiene al menos tanta evidencia circunstancial para apoyarlo como cualquier teoría de origen zoonótico natural ( Piplani et al., 2020Segreto y Deigin, 2020Zhan et al., 2020)

Los medios, normalmente tan enamorados de la controversia, se han negado en gran medida incluso a debatir la posibilidad de una fuga de laboratorio. Muchos sitios de noticias simplemente lo han calificado de teoría de la conspiración.

La razón principal de los despidos de los medios de la posibilidad del origen del laboratorio es un artículo de revisión en Nature Medicine ( Andersen et al., 2020) Aunque para el 29 de junio de 2020 esta revisión tenía casi 700 citas, también tiene importantes deficiencias científicas. Vale la pena comprender estos defectos por derecho propio, pero también son antecedentes útiles para comprender las implicaciones de la tesis de maestría.

Andersen et al., Una crítica

La cuestión del origen de la pandemia de COVID-19 es, en resumen, simple. Hay dos hechos incontrovertibles. Uno, la enfermedad es causada por un patógeno viral humano, SARS-CoV-2, identificado por primera vez en Wuhan en diciembre de 2019 y cuya secuencia de genoma de ARN es conocida. En segundo lugar, todos sus parientes conocidos más cercanos provienen de murciélagos. Más allá de cualquier duda razonable, el SARS-CoV-2 evolucionó a partir de un virus ancestral de murciélago. La tarea que los autores de Nature Medicine se propusieron fue establecer los méritos relativos de cada una de las diversas rutas posibles (laboratorio versus natural) por las cuales un coronavirus de murciélago podría haber saltado a los humanos y en el mismo proceso haber adquirido un sitio inusual de furina y un proteína de pico que tiene una afinidad muy alta por el receptor ACE2 humano.

Cuando Andersen et al. Esbozan una ruta zoonótica natural que especulan ampliamente sobre cómo podría haber ocurrido el salto. En particular, elaboran una propuesta de residencia en animales intermedios, probablemente pangolines. Por ejemplo, «La presencia en los pangolines de un RBD [dominio de unión al receptor] muy similar al del SARS-CoV-2 significa que podemos inferir que probablemente se trataba del virus que saltó a los humanos. Esto deja que la inserción del [a] sitio de escisión polibásica ocurra durante la transmisión de humano a humano ”. Esta evolución viral se produjo en «pangolines de Malasia importados ilegalmente a la provincia de Guangdong». Incluso con estas especulaciones hay grandes lagunas en esta teoría. Por ejemplo, ¿por qué el virus está tan bien adaptado a los humanos? ¿Por qué Wuhan, que está a 1,000 km de Guangdong? (Ver mapa).

guía de la provincia de china
guía de la provincia de china

Los autores no brindan tales especulaciones a favor de la tesis del accidente de laboratorio, solo especulan en su contra :

«Finalmente, también es poco probable que se haya producido la generación de los glicanos unidos a O previstos debido al paso del cultivo celular, ya que tales características sugieren la participación de un sistema inmune». (cursiva agregada).

[Pasaje es la colocación deliberada de virus vivos en células u organismos a los que NO están adaptados con el fin de adaptarlos, es decir, acelerar su evolución.]

También es digno de mención que los autores de Andersen establecieron un obstáculo mayor para la tesis de laboratorio que la tesis zoonótica. En su cuenta, se requiere que la tesis de laboratorio explique toda la evolución del SARS-CoV-2 a partir de su presunto antepasado viral de murciélago, mientras que bajo su narración de la tesis zoonótica se permite que ocurra el paso clave de la adición del sitio de furina en humanos y por lo tanto es efectivamente inexplicable.

Otro desequilibrio es que la información clave necesaria para juzgar los méritos de una teoría de origen de laboratorio falta en su cuenta. Como detallamos en nuestro artículo anterior, en su búsqueda de virus similares al SARS con potencial de propagación zoonótica, los investigadores de la WIV han pasado virus de murciélagos vivos en células de mono y humanas ( Wang et al., 2019) También han realizado muchos experimentos recombinantes con diversos coronavirus de murciélago ( Ge et al., 2013Menachery et al., 2015Hu et al., 2017) Tales experimentos han generado preocupación internacional sobre la posible creación de posibles virus pandémicos ( Lipsitch, 2018) Como mostramos también, el laboratorio Shi también había ganado una subvención para extender ese trabajo a animales vivos enteros. Planearon «experimentos de infección de virus en una variedad de cultivos celulares de diferentes especies y ratones humanizados» con coronavirus de murciélago recombinante. Sin embargo, Andersen et al no discutieron esta investigación en absoluto, excepto para decir:

«La investigación básica que involucra el paso de coronavirus tipo SARS-CoV de murciélago en cultivos celulares y / o modelos animales ha estado en curso durante muchos años en laboratorios de nivel 2 de bioseguridad en todo el mundo»

Esta declaración es fundamentalmente engañosa sobre el tipo de investigación realizada en el laboratorio Shi.

Otra supervisión importante por parte de los autores de Andersen se refiere a la historia de brotes de laboratorio de patógenos virales. Escriben: «hay casos documentados de escapes de laboratorio de SARS-CoV». Esta es una alusión bastante práctica al hecho de que desde 2003 ha habido seis brotes documentados de SARS en laboratorios, no todos en China, y algunos causaron muertes ( Furmanski, 2014)

Andersen et al también podrían haber notado que dos pandemias humanas importantes son ampliamente aceptadas como causadas por brotes de patógenos virales en el laboratorio, el H1N1 en 1977 y la encefalitis equina venezolana (resumido en Furmanski, 2014) Andersen incluso podría haber notado que, literalmente, cientos de accidentes de laboratorio con virus han resultado en casi accidentes o brotes muy localizados ( resumido por Lynn KlotzSam Husseini y también Weiss et al., 2015)

También no se mencionaron los casos en que un brote de laboratorio de un virus experimental o de ingeniería ha sido teorizado de manera plausible, pero sigue sin investigarse. Por ejemplo, la explicación más coherente para la pandemia de ‘gripe porcina’ H1N1 variante de 2009/10 que resultó en un número de muertos estimado por algunos hasta 200,000 ( Duggal et al., 2016Simonsen y col. 2013), es que una vacuna fue inactivada incorrectamente por su fabricante ( Gibbs et al., 2009) Si es así, el H1N1 surgió de un laboratorio no una sino dos veces.

Dado que los brotes virales en humanos y ganado con frecuencia provienen de laboratorios y que muchos científicos han advertido sobre posibles escapes de laboratorio ( Lipsitch y Galvani, 2014), y que la propia WIV tiene un registro cuestionable de bioseguridad, el artículo de Andersen no es un tratamiento imparcial de los posibles orígenes del virus COVID-19.

Sin embargo, su texto expresa algunas opiniones firmes: «Nuestros análisis muestran claramente que el SARS-CoV-2 no es una construcción de laboratorio o un virus manipulado a propósito … Es improbable que el SARS-CoV-2 surgiera a través de la manipulación de laboratorio de un SARS-CoV relacionado». -como el coronavirus … … los datos genéticos muestran irrefutablemente que el SARS-CoV-2 no se deriva de ningún esqueleto utilizado previamente … la evidencia muestra que el SARS-CoV2 no es un virus manipulado deliberadamente … no creemos que ningún tipo de escenario de laboratorio es posible «. ( Andersen et al., 2020)

Es difícil no concluir que lo que su trabajo muestra principalmente es que los Dres. Andersen, Rambaut, Lipkin, Holmes y Garry prefieren la tesis de transferencia zoonótica natural. Su retórica es directa, pero la evidencia no respalda esa confianza.

De hecho, desde la publicación de Andersen et al., Han surgido nuevas pruebas importantes que socavan su teoría del origen zoonótico. El 26 de mayo, los CDC chinos descartaronel mercado «húmedo» de Huanan en Wuhan como fuente del brote. Además, una nueva investigación sobre pangolins, el huésped mamífero intermedio preferido, sugiere que no son un reservorio natural de coronavirus ( Lee et al., 2020; Chan y Zhan, 2020) Además, se encontró que el SARS-CoV-2 no se replica en las células de riñón o pulmón de murciélago ( Rhinolophus sinicus ), lo que implica que el SARS-CoV-2 no es un derrame recientemente adaptado sobre Chu et al., 2020)

La mina de Mojiang y la tesis de maestría

En nuestra propia búsqueda para resolver la cuestión del origen de COVID-19, elegimos centrarnos en la procedencia de las secuencias del genoma del coronavirus BtCoV / 4991 y RaTG13, ya que estas son las secuencias más estrechamente relacionadas con el SARS-CoV-2 (98.7% y 96.2% idéntico respectivamente). Ver FIG 1. (reproducido de P. Zhou et al., 2020)

Similitud de Sars-CoV-2 con RaTG13
Similitud del SARS-CoV-2 con RaTG13 (línea azul) y otros coronavirus (rojo, verde, rosa) (Imagen de Zhou et al., 2020). Cuanto más alta es la línea, más similar es el virus.

A modo de comparación, el siguiente virus más cercano al SARS-CoV-2 es RmYN02 (no se muestra en la Fig. 1.) ( H. Zhou et al., 2020) RmYN02 tiene una similitud general con el SARS-CoV-2 del 93,2%, lo que hace que su distancia evolutiva del SARS-CoV-2 sea casi el doble.

BtCoV / 4991 se describió por primera vez en 2016. Es un fragmento de virus de 370 nucleótidos recolectado de la mina Mojiang en 2013 por el laboratorio de Zeng-li Shi en la WIV ( Ge et al., 2016) BtCoV / 4991 es 100% idéntico en secuencia a un segmento de RaTG13. RaTG13 es una secuencia completa del genoma viral (casi 30,000 nucleótidos) que solo se publicó en 2020, después del comienzo de la pandemia ( P. Zhou et al., 2020)

A pesar de la confusión creada por sus diferentes nombres, en una carta obtenida por nosotros, Zheng-li Shi confirmó a una base de datos de virologíaque BtCoV / 4991 y RaTG13 provienen de la misma muestra fecal de murciélago y de la misma mina. Son, por lo tanto, secuencias del mismo virus. En la discusión a continuación, nos referiremos principalmente a RaTG13 y especificaremos BtCoV / 4991 solo según sea necesario.

Estos detalles son importantes porque son estas muestras y su procedencia las que creemos son, en última instancia, clave para desentrañar el misterio de los orígenes de COVID-19.

La historia comienza en abril de 2012 cuando seis trabajadores de la misma mina de Mojiang se enfermaron de una misteriosa enfermedad al extraer heces de murciélago. Tres de los seis murieron posteriormente.

En una entrevista de marzo de 2020 con Scientific AmericanZeng-li Shi descartó la importancia de estas muertes, alegando que los mineros murieron de infecciones fúngicas. De hecho, no se mencionan mineros ni muertes en el documento publicado por el laboratorio Shi que documenta la colección de RaTG13 ( Ge et al., 2016)

Pero la evaluación de Shi no concuerda con ningún otro relato contemporáneo de los mineros y su enfermedad ( Rahalkar y Bahulikar2020). Como han señalado estos autores, la revista Science escribió parte del incidente en 2014 como ¿ Un nuevo virus asesino en China?La ciencia citaba a un equipo diferente de virólogos que encontraron un paramixovirus en ratas de la mina. Estos virólogos le dijeron a Science que no encontraron «ninguna relación directa entre la infección humana» y su virus. Esta expedición se publicó más tarde como el descubrimiento de un nuevo virus llamado MojV después de Mojiang, la localidad de la mina ( Wu et al., 2014)

Sin embargo, lo que sugiere este episodio es que estos investigadores estaban buscando un virus potencialmente letal y no un hongo letal. Canping Huang, autor de una tesis doctoral realizada bajo la supervisión de George Gao, jefe de los CDC chinos, también buscó un virus en la mina de Mojiang.

Todo esto plantea la pregunta de por qué el laboratorio Shi, que no tiene interés en hongos pero sí un gran interés en los coronavirus de murciélagos similares al SARS, también buscó en la mina Mojiang virus de murciélagos en cuatro ocasiones diferentes entre agosto de 2012 y julio de 2013, aunque la mina está a 1,000 km de Wuhan ( Ge et al., 2016) Estos viajes de recolección comenzaron mientras algunos de los mineros aún estaban hospitalizados.

Afortunadamente, existe una descripción detallada de los diagnósticos y tratamientos del minero. Se encuentra en una tesis de maestría escrita en chino en mayo de 2013. Su sugerente título en inglés es » El análisis de 6 pacientes con neumonía grave causada por virus desconocidos «.

La versión original en inglés del resumen. implica un coronavirus similar al SARS como el probable agente causal y que la mina «tenía muchos murciélagos y heces de murciélagos».

Los resultados de la tesis de maestría

Para obtener más información, especialmente sobre la razonabilidad de este diagnóstico, acordamos traducir toda la tesis de maestría al inglés y estamos haciendo que la traducción esté disponible. Para leerlo en su totalidad, vea el documento incrustado a continuación ( o descárguelo aquí)

 

FUENTE: https://www.independentsciencenews.org/commentaries/a-proposed-origin-for-sars-cov-2-and-the-covid-19-pandemic/

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